程序初版完成，目前收敛后结果不太对

demo.py

@@ -1,105 +1,99 @@
-## 实现一下重要抽样
 import numpy as np
 import matplotlib.pyplot as plt
-import scipy as stats
-import seaborn as sns
+from scipy.stats import beta as beta_dist # 导入beta分布用于绘图
 
-np.random.seed(42)
+# ------------------------------------------------------------------
+# 1. 设置 matplotlib 支持中文显示
+# ------------------------------------------------------------------
+try:
+    plt.rcParams['font.sans-serif'] = ['SimHei']  # Windows/Linux
+    plt.rcParams['axes.unicode_minus'] = False  # 正常显示负号
+except Exception:
+    try:
+        plt.rcParams['font.sans-serif'] = ['Arial Unicode MS'] # MacOS
+        plt.rcParams['axes.unicode_minus'] = False
+    except Exception:
+        print("未找到中文字体，绘图可能显示异常。请安装'SimHei'或'Arial Unicode MS'字体。")
 
-def baysian_linear_regression_inportance_sampling():
+# ------------------------------------------------------------------
+# 2. 设定模型参数 (为了模拟您图中的效果)
+# ------------------------------------------------------------------
+n = 20      # X的试验总次数
+# 更改 alpha 和 beta 以匹配图中 ~0.72 的均值
+alpha = 8.0 # Beta分布的先验参数 alpha
+beta = 3.0  # Beta分布的先验参数 beta
+# 理论均值 E[Y] = alpha / (alpha + beta) = 8 / 11 ≈ 0.727
+theoretical_mean = alpha / (alpha + beta)
+
+# MCMC (Gibbs) 抽样参数
+N_samples = 1000   # 总抽样量 N (同您图中的 N=1000)
+N_burn_in = 200    # 预估的老化期(预热期) N1
+
+print(f"模型参数: n={n}, alpha={alpha}, beta={beta}")
+print(f"理论均值 E[Y]: {theoretical_mean:.4f}")
+print(f"抽样设置: 总样本 N={N_samples}")
+
+# ------------------------------------------------------------------
+# 3. 初始化
+# ------------------------------------------------------------------
+# 创建数组来存储所有样本
+samples_X = np.zeros(N_samples, dtype=int)
+samples_Y = np.zeros(N_samples, dtype=float)
+
+# 设定马尔可夫链的初始状态
+# 故意设置一个远离均值(0.727)的初始值，以观察收敛
+y_t = 0.1 
+
+# ------------------------------------------------------------------
+# 4. 运行 Gibbs 抽样
+# ------------------------------------------------------------------
+print("开始Gibbs抽样...")
+np.random.seed(101) # 使用和您图中一样的随机种子
+
+for i in range(N_samples):
+    x_t = np.random.binomial(n, y_t)
+    y_t = np.random.beta(x_t + alpha, n - x_t + beta)
+    samples_Y[i] = y_t
+    samples_X[i] = x_t
+print("抽样完成。")
+
+# ------------------------------------------------------------------
+# 5. 定义并计算逐步平均值 (Ergodic Mean)
+# ------------------------------------------------------------------
+def calculate_ergodic_mean(y_samples):
     """
-    使用贝叶斯线性回归方法进行重要抽样
-
-    本例需要估计一个简单的线性回归模型的后验分布
-
-    y = β0 + β1*x + ε,  ε ~ N(0, σ²)
-      = [1 x] * [β0 β1]' + ε
+    计算逐步平均值 (累积平均值)
+    y_k_bar = (1/k) * sum(y_i for i=1 to k)
+    
+    使用 np.cumsum() 可以高效实现
     """
+    n = len(y_samples)
+    # 1. 计算累积和 [y1, y1+y2, y1+y2+y3, ...]
+    s = np.cumsum(y_samples)
+    # 2. 创建 k 数组 [1, 2, 3, ...]
+    k_array = np.arange(1, n + 1)
+    # 3. 计算 avg[k] = s[k] / k
+    return s / k_array
 
-    # 1. 定义关键数据 
-    x = np.array([1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10])
-    y = np.array([2.1, 3.9, 6.2, 8.1, 9.8, 12.3, 13.9, 16.2, 17.8, 20.1])
-    n = len(x)
+# 计算所有 Y 样本的逐步平均值 (包括预热期)
+ergodic_mean_Y = calculate_ergodic_mean(samples_Y)
 
-    print(f"数据点数量：{n}")
-    print(f"x: {x}")
-    print(f"y: {y}")
+# ------------------------------------------------------------------
+# 6. 绘制逐步平均值图 (实现您图片中的效果)
+# ------------------------------------------------------------------
+print("正在绘制逐步平均值图...")
 
-    # 2. 定义先验分布
-    # β0 ~ N(0, 10)
-    beta0_prior_mean = 0
-    beta0_prior_var = 10
+plt.figure(figsize=(10, 6))
+plt.plot(np.arange(1, N_samples + 1), ergodic_mean_Y, label=r"逐步平均值 $\bar{y}_k$")
+plt.axhline(theoretical_mean, color='red', linestyle='--', label=f"理论均值: {theoretical_mean:.4f}")
 
-    # β1 ~ N(1, 5)
-    beta1_prior_mean = 1
-    beta1_prior_var = 5
+# 添加一个垂直线来标记我们估计的预热期
+plt.axvline(N_burn_in, color='gray', linestyle=':', label=f"估计的预热期 N1 = {N_burn_in}")
 
-    # σ² ~ Inverse-Gamma(2, 1)
-    sigma2_prior_a = 2
-    sigma2_prior_b = 1
-
-    # 3. 定义重要抽样分布
-    # 使用最小二乘进行估计
-    X = np.column_stack([np.ones(n), x])
-    beta_estimate = np.linalg.inv(X.T @ X) @ X.T @ y
-    y_pred = X @ beta_estimate
-    residuals = y - y_pred
-    RSS = residuals.T @ residuals
-    sigma2_estimate = RSS / (n - 2)
-
-    print(f"最小二乘结果：β0 = {beta_estimate[0]}, β1 = {beta_estimate[1]}, σ² = {sigma2_estimate}")
-    print(f"残差平方和 RSS = {RSS}")
-
-    
-
-    # 4. 定义联合后验分布(未归一化)
-    def unnormalized_log_posterior(param):
-        """
-        计算后验概率密度的未归一化值
-
-        param: [β0, β1, log_sigma2)]
-        """
-
-        beta0, beta1, log_sigma2 = param
-
-        sigma2 = np.exp(log_sigma2)
-
-        # 计算似然函数值
-        y_pred = beta0 + beta1 * x
-        residuals = y - y_pred
-        log_likelihood = -0.5 * n * np.log(2 * np.pi * sigma2) * -0.5 * np.sum(residuals**2) / sigma2
-
-        # 计算先验概率
-        log_prior_beta0 = stats.norm.logpdf(beta0, loc = beta0_prior_mean, scale = np.sqrt(beta0_prior_var))
-        log_prior_beta1 = stats.norm.logpdf(beta1, loc = beta1_prior_mean, scale = np.sqrt(beta1_prior_var))
-        log_prior_sigma2 = stats.invgamma.logpdf(sigma2, a = sigma2_prior_a, scale = sigma2_prior_b) + log_sigma2
-
-        return log_likelihood + log_prior_beta0 + log_prior_beta1 + log_prior_sigma2
-    
-    # 5. 定义重要抽样分布
-    proposal_mean = np.array([beta_estimate[0], beta_estimate[1], np.log(sigma2_estimate)])
-    proposal_cov = np.diag([1.0, 1.0, 1.0])
-
-    def log_proposal_density(param):
-        return stats.multivariable_normal.logpdf(param, mean = proposal_mean, cov = proposal_cov)
-    
-    # 6. 进行重要抽样
-    num_samples = 10000
-    samples = np.zeros((num_samples, 3))
-    weights = np.zeros(num_samples)
-    log_weights = np.zeros(num_samples)
-
-    for i in range(num_samples):
-        samples[i] = np.random.multivariate_normal(proposal_mean, proposal_cov)
-        unnormalized_log_posterior = unnormalized_log_posterior(samples[i])
-        log_proposal = log_proposal_density(samples[i])
-        log_weights[i] = unnormalized_log_posterior - log_proposal
- 
-    weights = np.exp(log_weights)
-
-
-
-if __name__ == "__main__":
-    baysian_linear_regression_inportance_sampling()
-
-    
+plt.title("使用逐步平均值图查看预热期")
+plt.xlabel("迭代次数 (k)")
+plt.ylabel(r"逐步平均值 $\bar{y}_k$")
+plt.legend()
+plt.grid(True)
+plt.ylim(0, 1) # Y值在0到1之间
+plt.show()

demo1.py

@@ -1,3 +1,6 @@
+# JAX 入门示例代码
+# 演示 JAX 的基本用法，包括 jnp 数组、jit 加速
+
 import numpy as np
 import jax
 import jax.numpy as jnp

generateGroudTruth.py

@@ -0,0 +1,100 @@
+import numpy as np
+from scipy.linalg import solve_discrete_lyapunov
+import sys
+
+def generate_ground_truth_system(dx=2, du=1, dy=1, rng_seed=None):
+    """
+    生成一个 "真实" 的、稳定的、可控的、可观测的 LTI 系统。
+    
+    该过程遵循论文 6.2 节中描述的方法。
+    
+    参数:
+        dx (int): 状态维度 (state dimension)
+        du (int): 输入维度 (input dimension)
+        dy (int): 输出维度 (output dimension)
+        rng_seed (int, optional): 用于复现的随机种子
+        
+    返回:
+        tuple: (A, B, C, D) 矩阵
+    """
+    
+    # 初始化随机数生成器
+    if rng_seed is None:
+        rng = np.random.default_rng()
+    else:
+        rng = np.random.default_rng(rng_seed)
+
+    # 尝试生成一个良态的系统，最多重试 100 次
+    max_retries = 100
+    for attempt in range(max_retries):
+        try:
+            # --- 1. 生成稳定的 A 矩阵 (dx x dx) ---
+            # 论文图 2(b) 显示了复特征值，遵循 6.2 节的极坐标法
+            
+            # 在极坐标下采样一对共轭复特征值
+            r_squared = rng.uniform(0, 1.0) # 采样 r^2，确保在单位圆内
+            r = np.sqrt(r_squared)
+            theta = rng.uniform(0, np.pi)   # 仅在上半平面采样角度
+            
+            lambda1 = r * (np.cos(theta) + 1j * np.sin(theta))
+            lambda2 = np.conjugate(lambda1)
+            
+            # 创建对应的实数块对角矩阵
+            alpha, beta = lambda1.real, lambda1.imag
+            lambda_block = np.array([[alpha, beta], 
+                                    [-beta, alpha]])
+            
+            # 生成一个随机正交矩阵 V (dx x dx) [cite: 511, 584]
+            Z = rng.standard_normal(size=(dx, dx))
+            V, _ = np.linalg.qr(Z)
+            
+            # 组装 A = V * Lambda_block * V^T
+            A = V @ lambda_block @ V.T
+
+            # --- 2. 生成 B (dx x du) 和 C (dy x dx) 矩阵 ---
+            # 元素从 N(0, 1) 独立采样 
+            B = rng.standard_normal(size=(dx, du))
+            C = rng.standard_normal(size=(dy, dx))
+
+            # --- 3. 检查可控性和可观测性  ---
+            # 求解离散时间李雅普诺夫方程 (Lyapunov equation)
+            Wc = solve_discrete_lyapunov(A, B @ B.T) # Controllability Gramian
+            Wo = solve_discrete_lyapunov(A.T, C.T @ C) # Observability Gramian
+
+            # 检查 Gramian 矩阵的条件
+            # "拒绝主要特征值占总能量 99% 以上的系统"
+            eig_Wc = np.linalg.eigvalsh(Wc)
+            eig_Wo = np.linalg.eigvalsh(Wo)
+
+            cond_c = np.max(eig_Wc) / np.sum(eig_Wc)
+            cond_o = np.max(eig_Wo) / np.sum(eig_Wo)
+
+            # 如果系统是良态的，则跳出循环
+            if cond_c < 0.99 and cond_o < 0.99:
+                
+                # --- 4. 定义 D 矩阵 (dy x du) ---
+                # 算例 6.3 中 D=0 
+                D = np.zeros((dy, du))
+                
+                print(f"--- 成功生成 Ground Truth 系统 (尝试次数: {attempt + 1}) ---")
+                print(f"特征值: {lambda1:.4f}, {lambda2:.4f}")
+                print(f"Gramian 能量占比: Wc={cond_c:.4f}, Wo={cond_o:.4f}")
+                print("A = \n", A)
+                print("B = \n", B)
+                print("C = \n", C)
+                print("D = \n", D)
+                
+                return A, B, C, D
+                
+        except np.linalg.LinAlgError:
+            # 李雅普诺夫方程求解器可能失败（例如，A 矩阵数值上不稳定）
+            print(f"尝试 {attempt + 1} 失败 (LinAlgError)。正在重试...", file=sys.stderr)
+            continue
+            
+    # 如果循环结束仍未成功
+    raise RuntimeError(f"在 {max_retries} 次尝试后未能生成一个良态的系统。")
+
+if __name__ == '__main__':
+    # --- 运行示例 ---
+    # 设置一个随机种子，以便每次运行时都能得到相同的结果
+    A_true, B_true, C_true, D_true = generate_ground_truth_system(rng_seed=42)

generateSimData.py

@@ -0,0 +1,126 @@
+import numpy as np
+from scipy.linalg import solve_discrete_lyapunov
+import sys
+import matplotlib.pyplot as plt
+from generateGroudTruth import generate_ground_truth_system
+
+
+def simulate_lti_data(A, B, C, D, T, sigma_process, sigma_measurement, rng_seed=None):
+    """
+    使用 LTI 系统 (A, B, C, D) 仿真生成数据。
+    
+    参数:
+        A (np.ndarray): 状态矩阵 (dx x dx)
+        B (np.ndarray): 输入矩阵 (dx x du)
+        C (np.ndarray): 观测矩阵 (dy x dx)
+        D (np.ndarray): 前馈矩阵 (dy x du)
+        T (int): 轨迹长度 (时间步数)
+        sigma_process (float): 过程噪声的标准差 (sigma_Sigma)
+        sigma_measurement (float): 测量噪声的标准差 (sigma_Gamma)
+        rng_seed (int, optional): 用于复现的随机种子
+
+    返回:
+        tuple: (u_data, y_data)
+            u_data (np.ndarray): 输入轨迹 (T x du)
+            y_data (np.ndarray): 输出轨迹 (T x dy)
+    """
+    
+    # 初始化随机数生成器
+    if rng_seed is None:
+        rng = np.random.default_rng()
+    else:
+        rng = np.random.default_rng(rng_seed)
+        
+    # 从矩阵形状获取维度
+    dx = A.shape[0]
+    du = B.shape[1]
+    dy = C.shape[0]
+    
+    # 初始化状态向量 x_0 = 0
+    x = np.zeros((dx, 1))
+    
+    # 初始化用于存储历史数据的列表
+    x_history = []
+    y_history = []
+    u_history = []
+    
+    # 生成噪声序列
+    # 输入 u_t ~ N(0, I) 
+    u_data_gen = rng.standard_normal(size=(T, du, 1))
+    
+    # 过程噪声 w_t ~ N(0, sigma_process^2 * I) [cite: 523]
+    w_data_gen = rng.normal(scale=sigma_process, size=(T, dx, 1))
+    
+    # 测量噪声 z_t ~ N(0, sigma_measurement^2 * I) [cite: 523]
+    z_data_gen = rng.normal(scale=sigma_measurement, size=(T, dy, 1))
+
+    print(f"\n--- 开始仿真数据 (T={T}) ---")
+    print(f"过程噪声 (sigma_Sigma): {sigma_process}")
+    print(f"测量噪声 (sigma_Gamma): {sigma_measurement}")
+
+    # 循环 T 个时间步
+    for t in range(T):
+        u = u_data_gen[t]
+        w = w_data_gen[t]
+        z = z_data_gen[t]
+        
+        # 1. 计算当前输出 y_t = C*x_t + D*u_t + z_t 
+        y = C @ x + D @ u + z
+        
+        # 2. 计算下一个状态 x_{t+1} = A*x_t + B*u_t + w_t 
+        x_next = A @ x + B @ u + w
+        
+        # 存储数据
+        u_history.append(u.squeeze())
+        y_history.append(y.squeeze())
+        x_history.append(x.squeeze())
+        
+        # 更新状态
+        x = x_next
+        
+    print("仿真完成。")
+    
+    # 将列表转换为 numpy 数组
+    # 我们需要 (T, du) 和 (T, dy) 的形状
+    # 使用 .reshape(-1, du) 和 .reshape(-1, dy) 来处理 du/dy=1 的情况
+    u_data = np.array(u_history).reshape(T, du)
+    y_data = np.array(y_history).reshape(T, dy)
+    
+    return u_data, y_data
+
+if __name__ == '__main__':
+    # --- 运行示例 ---
+    
+    # 1. 生成 Ground Truth 系统
+    # 使用与第一步相同的种子，确保系统一致
+    A_true, B_true, C_true, D_true = generate_ground_truth_system(rng_seed=42)
+    
+    # 2. 仿真数据
+    # 根据 6.3 节的设置 
+    T_steps = 400
+    sigma_proc = 0.3
+    sigma_meas = 0.0
+    
+    # 使用不同的种子进行仿真，以确保数据和系统生成是独立的
+    u_data, y_data = simulate_lti_data(
+        A_true, B_true, C_true, D_true,
+        T=T_steps,
+        sigma_process=sigma_proc,
+        sigma_measurement=sigma_meas,
+        rng_seed=123
+    )
+    
+    # 打印结果形状
+    print(f"\n--- 仿真结果 ---")
+    print(f"输入数据 u_data 形状: {u_data.shape}")
+    print(f"输出数据 y_data 形状: {y_data.shape}")
+
+    # 可视化检查
+    plt.figure(figsize=(12, 4))
+    plt.plot(y_data, label=f'Simulated Output $y_t$ (noise $\sigma_w={sigma_proc}$)')
+    plt.title('Simulated Data Trajectory (First Output Channel)')
+    plt.xlabel('Time Step $t$')
+    plt.ylabel('Output $y_t$')
+    plt.legend()
+    plt.grid(True)
+    plt.show()

main.py

@@ -0,0 +1,313 @@
+import numpy as np
+import jax
+import jax.numpy as jnp
+import matplotlib.pyplot as plt
+from matplotlib.patches import Circle
+import seaborn as sns
+import arviz as az
+import numpyro
+
+from generateGroudTruth import generate_ground_truth_system
+from generateSimData import simulate_lti_data
+# 确保 models_and_mcmc.py 中的 run_mcmc 接受 init_params 参数
+from models_and_mcmc import run_mcmc, model_canonical, model_standard
+
+# =========================================================================
+# 配置中文字体
+# =========================================================================
+try:
+    # Windows 系统优先尝试这些字体
+    plt.rcParams['font.sans-serif'] = ['Microsoft YaHei', 'SimHei', 'SimSun', 'KaiTi', 'FangSong', 'Arial Unicode MS']
+    plt.rcParams['axes.unicode_minus'] = False  # 正常显示负号
+    print("✓ 中文字体配置成功")
+except Exception as e:
+    print(f"⚠ 字体配置警告: {e}")
+    print("   如果图表中文显示异常，请运行 check_fonts.py 查看可用字体")
+
+# =========================================================================
+# 实现标准型到规范型的转换
+# =========================================================================
+def standard_to_canonical(A_s, B_s, C_s):
+    """
+    将一个 2x2 的标准状态空间系统 (A_s, B_s, C_s) 转换为控制器规范型参数。
+
+    返回:
+        dict: 包含 'a0', 'a1', 'b0', 'b1' 的字典
+    """
+    dx = A_s.shape[0]
+    if dx != 2:
+        raise ValueError("此转换函数仅为 dx=2 的情况实现。")
+
+    # 1. 计算特征多项式系数: p(λ) = λ^2 + a1*λ + a0
+    a1_true = -np.trace(A_s)
+    a0_true = np.linalg.det(A_s)
+
+    # 2. 构造转换矩阵 T_c
+    I = np.eye(dx)
+    f1 = (A_s + a1_true * I) @ B_s
+    f2 = B_s
+
+    Tc_inv = np.hstack([f1, f2])
+
+    if np.linalg.matrix_rank(Tc_inv) < dx:
+        raise np.linalg.LinAlgError("系统 (A_s, B_s) 不是可控的，无法转换为控制器规范型。")
+
+    Tc = np.linalg.inv(Tc_inv)
+
+    # 3. 转换 C 矩阵: C_c = C_s * T_c
+    C_c = C_s @ Tc
+    b0_true = C_c[0, 0]
+    b1_true = C_c[0, 1]
+
+    true_params = {'a0': a0_true, 'a1': a1_true, 'b0': b0_true, 'b1': b1_true}
+
+    print("\n--- Ground Truth 转换结果 ---")
+    print(f"真实规范型参数: {true_params}")
+
+    return true_params
+
+# =========================================================================
+#  可视化函数
+# =========================================================================
+
+def plot_canonical_results(mcmc_canonical, true_params_c):
+    """
+    可视化规范型模型的 MCMC 结果，重现图 2。
+    """
+    print("\n--- 正在生成规范型模型的后验分布图 (图 2)... ---")
+
+    idata_c = az.from_numpyro(mcmc_canonical)
+    samples_c = mcmc_canonical.get_samples()
+
+    # 图 2(a): 参数的配对图
+    az.plot_pair(
+        idata_c,
+        var_names=['a0', 'a1', 'b0', 'b1'],
+        kind='kde',
+        marginals=True,
+        point_estimate='mean',
+        reference_values=true_params_c,
+        figsize=(10, 10)
+    )
+    plt.suptitle("图 2(a) 复现: 规范型参数的后验分布", y=1.02, fontsize=16)
+
+    # 图 2(b): 特征值在复平面上的分布
+    true_eigenvalues = np.roots([1, true_params_c['a1'], true_params_c['a0']])
+
+    posterior_eigenvalues = []
+    # 避免使用过多样本导致计算缓慢，可以对样本进行降采样
+    num_plot_samples = min(5000, len(samples_c['a0']))
+    plot_indices = np.random.choice(len(samples_c['a0']), num_plot_samples, replace=False)
+    
+    for i in plot_indices:
+        a0 = samples_c['a0'][i]
+        a1 = samples_c['a1'][i]
+        posterior_eigenvalues.extend(np.roots([1, a1, a0]))
+    posterior_eigenvalues = np.array(posterior_eigenvalues, dtype=np.complex128)
+
+    mean_params = {k: np.mean(v) for k, v in samples_c.items()}
+    map_eigenvalues = np.roots([1, mean_params['a1'], mean_params['a0']])
+
+    plt.figure(figsize=(8, 8))
+    sns.kdeplot(x=posterior_eigenvalues.real, y=posterior_eigenvalues.imag,
+                fill=True, cmap="Blues", levels=10, alpha=0.7) # 添加透明度
+    plt.plot(true_eigenvalues.real, true_eigenvalues.imag, 'ro', markersize=10,
+             label=f'真实特征值: {true_eigenvalues[0]:.3f}')
+    plt.plot(map_eigenvalues.real, map_eigenvalues.imag, 'gs', markersize=10,
+             label=f'后验均值估计: {map_eigenvalues[0]:.3f}')
+    circle = Circle((0, 0), 1, color='gray', fill=False, linestyle='--')
+    plt.gca().add_artist(circle)
+
+    plt.title('图 2(b) 复现: 主特征值的后验分布', fontsize=16)
+    plt.xlabel('Re(λ)')
+    plt.ylabel('Im(λ)')
+    plt.legend()
+    plt.axis('equal')
+    plt.grid(True)
+
+
+def plot_standard_results(mcmc_standard, true_params_s):
+    """
+    可视化标准型模型的 MCMC 结果，重现图 3。
+    """
+    print("\n--- 正在生成标准型模型的后验分布图 (图 3)... ---")
+
+    idata_s = az.from_numpyro(mcmc_standard)
+
+    # 为了清晰起见，只选择论文图 3a 中显示的几个参数子集
+    plot_vars = ['A11', 'A12', 'A21', 'A22', 'B1', 'B2', 'C1', 'C2']
+    # 限制绘制的参数数量，避免图像过于拥挤
+    az.plot_pair(
+        idata_s,
+        var_names=['A11', 'A12', 'A21','A22', 'B1', 'B2', 'C1','C2'], # 选择部分参数展示
+        kind='kde',
+        marginals=True,
+        # point_estimate='mean', # 对于多峰分布，均值可能误导，不显示
+        reference_values={k: v for k, v in true_params_s.items() if k in plot_vars},
+        figsize=(12, 12) # 稍微增大图像尺寸
+    )
+    plt.suptitle("图 3(a) 复现: 标准型参数的后验分布 (部分)", y=1.02, fontsize=16)
+
+def get_user_choice():
+    """
+    获取用户选择运行哪个模型
+    """
+    print("\n" + "="*60)
+    print("请选择要运行的模型类型:")
+    print("1. 只运行规范型模型 (Canonical)")
+    print("2. 只运行标准型模型 (Standard ABCD)")
+    print("3. 两个模型都运行")
+    print("="*60)
+
+    while True:
+        try:
+            choice = input("请输入选择 (1/2/3): ").strip()
+            if choice in ['1', '2', '3']:
+                return int(choice)
+            else:
+                print("请输入有效的选择 (1, 2 或 3)")
+        except KeyboardInterrupt:
+            print("\n程序被用户中断")
+            exit()
+        except:
+            print("请输入有效的选择 (1, 2 或 3)")
+
+# =========================================================================
+# 主程序
+# =========================================================================
+if __name__ == '__main__':
+    # 获取用户选择
+    choice = get_user_choice()
+
+    # --- 0. 设置 ---
+    numpyro.set_host_device_count(4)
+    main_rng_key = jax.random.PRNGKey(42)
+
+    # --- 1. 生成 Ground Truth 系统 ---
+    print("\n--- (步骤 1) 生成真实系统 ---")
+    gt_key, sim_key, mcmc_key, init_noise_key = jax.random.split(main_rng_key, 4) # 多分配一个 key
+    A_true, B_true, C_true, D_true = generate_ground_truth_system(
+        rng_seed=int(gt_key[0])
+    )
+
+    # --- 2. 仿真数据 ---
+    print("\n--- (步骤 2) 生成仿真数据 ---")
+    T_steps, sigma_proc, sigma_meas = 400, 0.3, 0.5
+    u_data, y_data = simulate_lti_data(
+        A_true, B_true, C_true, D_true, T_steps, sigma_proc, sigma_meas,
+        rng_seed=int(sim_key[0])
+    )
+    u_data_jax, y_data_jax = jnp.array(u_data), jnp.array(y_data)
+
+    # --- 步骤 2.5: 计算 MCMC 初始值 ---
+    true_params_c = standard_to_canonical(A_true, B_true, C_true)
+    true_params_s = {
+        'A11': A_true[0, 0], 'A12': A_true[0, 1],
+        'A21': A_true[1, 0], 'A22': A_true[1, 1],
+        'B1': B_true[0, 0], 'B2': B_true[1, 0],
+        'C1': C_true[0, 0], 'C2': C_true[0, 1]
+    }
+
+    # --- 3 & 4. 运行 MCMC ---
+    mcmc_canonical = None
+    mcmc_standard = None
+
+    # 分配用于初始值噪声的 key
+    init_noise_key_c, init_noise_key_s = jax.random.split(init_noise_key)
+
+    if choice in [1, 3]:  # 运行规范型
+        print("\n--- 运行规范型模型 MCMC (在真实值附近初始化) ---")
+        mcmc_key_c, mcmc_key = jax.random.split(mcmc_key)
+
+        # --- (修改) 在真实值附近添加小的随机扰动 (±10%) ---
+        init_key = init_noise_key_c # 使用独立的 key
+        noise_scale = 0.1  # 10% 的扰动
+        init_params_c_noisy = {}
+        for param_name, true_value in true_params_c.items():
+            # 确保即使 true_value 为 0 也有扰动，添加一个小的基准值
+            base_value = abs(true_value) if abs(true_value) > 1e-6 else 1.0 
+            noise = jax.random.normal(init_key, shape=()) * base_value * noise_scale
+            # 确保 a0, a1 扰动后仍在有效范围内
+            if param_name == 'a0':
+                noisy_val = np.clip(true_value + float(noise), -0.99, 0.99) # 限制在 (-1, 1) 内
+            elif param_name == 'a1':
+                 # 需要知道 a0 的扰动值来确定 a1 的范围
+                 a0_noisy = init_params_c_noisy.get('a0', true_params_c['a0']) # 获取已扰动的 a0
+                 low_bound = -1 - a0_noisy + 1e-6 # 加一点边界防止卡住
+                 high_bound = 1 + a0_noisy - 1e-6
+                 noisy_val = np.clip(true_value + float(noise), low_bound, high_bound)
+            else:
+                noisy_val = true_value + float(noise)
+
+            init_params_c_noisy[param_name] = noisy_val
+            init_key, _ = jax.random.split(init_key) # 更新 key
+
+        print(f"规范型初始参数 (带扰动): {init_params_c_noisy}")
+
+        mcmc_canonical = run_mcmc(
+            model_canonical,
+            mcmc_key_c,
+            u_data_jax,
+            y_data_jax,
+            sigma_proc,
+            init_params=init_params_c_noisy # <-- 使用带扰动的初始值
+        )
+
+    if choice in [2, 3]:  # 运行标准型
+        print("\n--- 运行标准型模型 MCMC (在真实值附近初始化) ---")
+        mcmc_key_s, mcmc_key = jax.random.split(mcmc_key)
+
+        # --- (修改) 在真实值附近添加小的随机扰动 (±10%) ---
+        init_key = init_noise_key_s # 使用独立的 key
+        noise_scale = 0.1  # 10% 的扰动
+        init_params_s_noisy = {}
+        for param_name, true_value in true_params_s.items():
+            # 确保即使 true_value 为 0 也有扰动
+            base_value = abs(true_value) if abs(true_value) > 1e-6 else 1.0
+            noise = jax.random.normal(init_key, shape=()) * base_value * noise_scale
+            init_params_s_noisy[param_name] = true_value + float(noise)
+            init_key, _ = jax.random.split(init_key) # 更新 key
+
+        print(f"标准型初始参数 (带扰动): {init_params_s_noisy}")
+
+        mcmc_standard = run_mcmc(
+            model_standard,
+            mcmc_key_s,
+            u_data_jax,
+            y_data_jax,
+            sigma_proc,
+            init_params=init_params_s_noisy # <-- 使用带扰动的初始值
+        )
+
+    # --- 5. 分析与可视化 ---
+
+    # (计算真实参数的代码已移至 步骤 2.5)
+
+    # 根据选择显示结果
+    if choice in [1, 3] and mcmc_canonical is not None:
+        plot_canonical_results(mcmc_canonical, true_params_c)
+
+        print("\n" + "="*50)
+        print("规范型模型分析:")
+        print("1. 后验分布应为单峰 (unimodal) 且近似高斯。")
+        print("2. 参数解释简单，后验均值是好的点估计。")
+        print("3. 特征值分布应集中围绕真实值。")
+        print("="*50)
+
+    if choice in [2, 3] and mcmc_standard is not None:
+        plot_standard_results(mcmc_standard, true_params_s)
+
+        print("\n" + "="*50)
+        print("标准型模型分析:")
+        print("1. 后验分布可能呈现复杂的多峰 (multi-modal) 和强相关性。")
+        print("2. 这是由参数的非唯一性 (non-identifiability) 造成的。")
+        print("3. MCMC 采样效率可能较低，点估计（如均值）可能无意义。")
+        print("="*50)
+
+    # 显示所有图像
+    if choice != 0:
+        print("\n显示所有图像...")
+        plt.show()
+
+    print("\n程序执行完成!")
+

models_and_mcmc.py

@@ -0,0 +1,283 @@
+import numpy as np
+import jax
+import jax.numpy as jnp
+from jax.scipy.stats import multivariate_normal
+
+import numpyro
+import numpyro.distributions as dist
+from numpyro.infer import MCMC, NUTS, Predictive
+import numpyro.infer.initialization as init_strategy 
+
+from functools import partial
+
+from generateGroudTruth import generate_ground_truth_system
+from generateSimData import simulate_lti_data
+
+# =========================================================================
+# JIT 编译卡尔曼滤波器似然函数 (JAX)
+# (基于 Theorem B.1 )
+# =========================================================================
+@partial(jax.jit, static_argnums=(0, 1, 2, 3))
+def kalman_likelihood(dx, du, dy, T, A, B, C, D, Q, R, u_data, y_data):
+    """
+    使用卡尔曼滤波器计算 LTI 系统的对数似然。
+    
+    参数:
+        dx, du, dy, T: 系统的维度和时间
+        A, B, C, D: LTI 系统矩阵 (JAX 数组)
+        Q, R: 过程噪声和测量噪声的协方差 (JAX 数组)
+        u_data, y_data: 输入和输出数据 (T x du) 和 (T x dy)
+        
+    返回:
+        float: 总的对数似然
+    """
+    
+    # 初始状态
+    x_0_m1 = jnp.zeros(dx)      # x_{0|-1} (t=0 given t=-1)
+    P_0_m1 = jnp.eye(dx) * 1.0  # P_{0|-1}
+    I_dx = jnp.eye(dx)
+    
+    # 确保 u 和 y 是 (T, N, 1) 的形状以便于矩阵运算
+    u_data = u_data.reshape((T, du, 1))
+    y_data = y_data.reshape((T, dy, 1))
+
+    def kalman_step(carry, t):
+        # --- 0. 载入上一步的预测结果 ---
+        # carry 是 (x_{t|t-1}, P_{t|t-1})
+        x_t_tm1, P_t_tm1 = carry 
+        
+        # 获取当前数据
+        u_t = u_data[t]
+        y_t = y_data[t]
+        
+        # --- 1. 测量更新 (Measurement Update) ---
+        # (使用 y_t 和 u_t 来从 x_{t|t-1} 得到 x_{t|t})
+        
+        # 确保 x_t_tm1 是列向量 (dx, 1)
+        x_t_tm1_col = x_t_tm1.reshape((dx, 1))
+        
+        # 创新 nu_t = y_t - (C*x_t_tm1 + D*u_t)
+        nu_t = y_t - (C @ x_t_tm1_col) - (D @ u_t)
+        
+        # 创新协方差 S_t = C*P_t_tm1*C^T + R
+        S_t = C @ P_t_tm1 @ C.T + R
+        
+        # 计算对数似然 p(y_t | y_{t-1}, ...)
+        log_lik_t = multivariate_normal.logpdf(nu_t.squeeze(), mean=jnp.zeros(dy), cov=S_t)
+        
+        # 卡尔曼增益 K_t = P_t_tm1*C^T * S_t^{-1}
+        K_t = jnp.linalg.solve(S_t, C @ P_t_tm1).T
+        
+        # 更新状态 x_{t|t} = x_t_tm1 + K_t * nu_t
+        x_t_t = x_t_tm1_col + K_t @ nu_t
+        
+        # 更新协方差 P_{t|t} = (I - K_t*C)*P_t_tm1
+        P_t_t = (I_dx - K_t @ C) @ P_t_tm1
+
+        # --- 2. 时间预测 (Time Prediction) ---
+        # (使用 u_t 来从 x_{t|t} 得到 x_{t+1|t})
+        
+        # 预测下一个状态 x_{t+1|t} = A*x_{t|t} + B*u_t [cite: 21, 1042]
+        x_tp1_t = (A @ x_t_t + B @ u_t).flatten()  # 确保输出是 (dx,) 形状
+        
+        # 预测下一个协方差 P_{t+1|t} = A*P_{t|t}*A^T + Q
+        P_tp1_t = A @ P_t_t @ A.T + Q
+        
+        # 返回 (x_{t+1|t}, P_{t+1|t}) 作为下一次迭代的 carry
+        return (x_tp1_t, P_tp1_t), log_lik_t
+
+    # 运行 scan 循环
+    # 初始 carry 是 (x_{0|-1}, P_{0|-1})
+    initial_carry = (x_0_m1, P_0_m1)
+    
+    # jax.lax.scan 会在所有 t 上迭代 kalman_step
+    (_, _), log_likelihoods = jax.lax.scan(kalman_step, initial_carry, jnp.arange(T))
+    
+    # 返回总的对数似然
+    return jnp.sum(log_likelihoods)
+
+# =========================================================================
+# 步骤 3.1: 定义模型一 (规范型, Canonical)
+# =========================================================================
+def model_canonical(u_data, y_data, sigma_process, nugget=1e-12):
+    """
+    NumPyro 模型 - 规范型 (Canonical Form)
+    """
+    dx, du = 2, 1
+    dy = 1
+    T = u_data.shape[0]
+
+    # --- 1. 采样先验 (Priors) ---
+    
+    # 状态矩阵 A 的先验
+    # 使用 Lemma 4.3  的稳定先验：|a0| < 1 和 |a1| < 1 + a0
+    a0 = numpyro.sample("a0", dist.Uniform(-1, 1)) # type: ignore
+    # a1 的范围取决于 a0
+    a1 = numpyro.sample("a1", dist.Uniform(-1 - a0, 1 + a0)) # type: ignore
+    
+    # 观测矩阵 C 的先验
+    b0 = numpyro.sample("b0", dist.Normal(0, 1))
+    b1 = numpyro.sample("b1", dist.Normal(0, 1))
+
+    # --- 2. 构造系统矩阵 ---
+    A = jnp.array([[0.0, 1.0], [-a0, -a1]]) # type: ignore
+    B = jnp.array([[0.0], [1.0]])
+    C = jnp.array([[b0, b1]])
+    D = jnp.zeros((dy, du))
+    
+    # --- 3. 构造噪声协方差 ---
+    # 噪声是固定的 (已知的)，如 6.3 节算例所述
+    Q = jnp.eye(dx) * (sigma_process ** 2)
+    # 为数值稳定性添加 "nugget" [cite: 533]
+    R = jnp.eye(dy) * nugget 
+    
+    # --- 4. 计算总似然 ---
+    log_lik_total = kalman_likelihood(dx, du, dy, T, A, B, C, D, Q, R, u_data, y_data)
+    
+    # 将似然注册到 NumPyro
+    numpyro.factor("log_likelihood", log_lik_total)
+
+# =========================================================================
+# 步骤 3.2: 定义模型二 (标准型, Standard)
+# =========================================================================
+def model_standard(u_data, y_data, sigma_process, nugget=1e-12):
+    """
+    NumPyro 模型 - 标准型 (Standard Form)
+    """
+    dx, du = 2, 1
+    dy = 1
+    T = u_data.shape[0]
+
+    # --- 1. 采样先验 (Priors) ---
+    # 所有系数都是 N(0, 1) 
+    
+    # 状态矩阵 A (dx*dx = 4 个参数)
+    A11 = numpyro.sample("A11", dist.Normal(0, 1))
+    A12 = numpyro.sample("A12", dist.Normal(0, 1))
+    A21 = numpyro.sample("A21", dist.Normal(0, 1))
+    A22 = numpyro.sample("A22", dist.Normal(0, 1))
+    
+    # 输入矩阵 B (dx*du = 2 个参数)
+    B1 = numpyro.sample("B1", dist.Normal(0, 1))
+    B2 = numpyro.sample("B2", dist.Normal(0, 1))
+
+    # 观测矩阵 C (dy*dx = 2 个参数)
+    C1 = numpyro.sample("C1", dist.Normal(0, 1))
+    C2 = numpyro.sample("C2", dist.Normal(0, 1))
+
+    # --- 2. 构造系统矩阵 ---
+    A = jnp.array([[A11, A12], [A21, A22]])
+    B = jnp.array([[B1], [B2]])
+    C = jnp.array([[C1, C2]])
+    D = jnp.zeros((dy, du))
+
+    # --- 3. 构造噪声协方差 ---
+    Q = jnp.eye(dx) * (sigma_process ** 2)
+    R = jnp.eye(dy) * nugget
+    
+    # --- 4. 计算总似然 ---
+    log_lik_total = kalman_likelihood(dx, du, dy, T, A, B, C, D, Q, R, u_data, y_data)
+    
+    # 将似然注册到 NumPyro
+    numpyro.factor("log_likelihood", log_lik_total)
+
+# =========================================================================
+# (步骤 4: 运行 MCMC - 作为本脚本的 main)
+# =========================================================================
+def run_mcmc(model, rng_key, u_data, y_data, sigma_process, init_params=None):
+    """辅助函数，用于运行 NUTS 采样器"""
+    
+    print(f"\n--- 开始为模型 {model.__name__} 运行 MCMC ---")
+    
+    # 论文中的 MCMC 设置
+    num_warmup = 5000
+    num_samples = 20000
+    num_chains = 4
+    
+    # 使用 NUTS 内核
+    if init_params:
+        print("--- MCMC 正在使用 'init_to_value' 策略 (从真实值开始) ---")
+        # 确保所有值都是 JAX 数组
+        init_values = {k: jnp.array(v) for k, v in init_params.items()}
+        # 使用 init_to_value 策略
+        strategy = init_strategy.init_to_value(values=init_values) 
+        kernel = NUTS(model, init_strategy=strategy) 
+    else:
+        print("--- MCMC 正在使用默认初始化策略 ---")
+        kernel = NUTS(model) # <-- 无需策略
+    
+    # 配置 MCMC
+    mcmc = MCMC(
+        kernel,
+        num_warmup=num_warmup,
+        num_samples=num_samples,
+        num_chains=num_chains,
+        progress_bar=True
+    )
+    
+    # 运行
+    mcmc.run(rng_key, u_data, y_data, sigma_process=sigma_process)
+    
+    # 打印总结
+    print(f"\n--- MCMC 总结: {model.__name__} ---")
+    mcmc.print_summary()
+    
+    return mcmc
+
+if __name__ == '__main__':
+    # --- 0. 设置 JAX 和 NumPyro ---
+    # numpyro.set_platform("cpu") # 或者 "gpu"
+    numpyro.set_host_device_count(4) # 使用 4 个 CPU 核心 (对应 4 条链)
+    
+    # JAX 随机种子
+    main_rng_key = jax.random.PRNGKey(42)
+    
+    # --- 1. 生成 Ground Truth 系统 ---
+    print("--- (步骤 1) ---")
+    gt_key, sim_key, mcmc_key = jax.random.split(main_rng_key, 3)
+    A_true, B_true, C_true, D_true = generate_ground_truth_system(
+        rng_seed=int(gt_key[0])
+    )
+    
+    # --- 2. 仿真数据 ---
+    print("\n--- (步骤 2) ---")
+    T_steps = 400
+    sigma_proc = 0.3
+    sigma_meas = 0.0
+    
+    u_data, y_data = simulate_lti_data(
+        A_true, B_true, C_true, D_true,
+        T=T_steps,
+        sigma_process=sigma_proc,
+        sigma_measurement=sigma_meas,
+        rng_seed=int(sim_key[0])
+    )
+    
+    # 将数据转换为 JAX 数组
+    u_data_jax = jnp.array(u_data)
+    y_data_jax = jnp.array(y_data)
+
+    # --- 3 & 4. 运行两个模型的 MCMC ---
+    
+    # (模型 1: 规范型)
+    mcmc_key_c, mcmc_key_s = jax.random.split(mcmc_key)
+    mcmc_canonical = run_mcmc(
+        model_canonical, 
+        mcmc_key_c, 
+        u_data_jax, 
+        y_data_jax,
+        sigma_proc
+    )
+    
+    # (模型 2: 标准型)
+    mcmc_standard = run_mcmc(
+        model_standard, 
+        mcmc_key_s, 
+        u_data_jax, 
+        y_data_jax,
+        sigma_proc
+    )
+    
+    print("\n--- MCMC 运行完成 ---")
+    print("下一步是分析和可视化后验分布 (步骤 5)。")
+    print("例如，使用 'mcmc_canonical.get_samples()' 来获取样本。")